無論是自用或公用保稅倉庫，所存放的都是保稅貨物，根據保稅倉庫管理辦法的第二十九條未經海關批準，在保稅倉庫擅自存放非保稅貨物的，會被處于3萬元以下的罰款。從此可見保稅倉庫是不能擅自存放非保稅貨物的。
那么如果不是擅自，而是主動向海關申請存放非保稅貨物是否可以呢。根據海關總署公告2016年第72號（關于海關特殊監管區域“倉儲貨物按狀態分類監管”有關問題的公告）允許非保稅貨物以非報關方式進入海關特殊監管區域，與保稅貨物集拼、分撥后，實際離境出口或出區返回境內。也就是說只要提出申請就可以在保稅倉庫內存放非保稅貨物。
如果企業要經營非保稅貨物，可以經由特殊監管區域的管委會向海關提出申請。有一個前提條件，【適用“倉儲貨物按狀態分類監管”制度的區內企業，應使用計算機倉儲管理系統（wms）；應按照海關規定的認證方式與海關特殊監管區域信息化輔助管理系統聯網，向海關報送能夠滿足監管要求的相關數據。】
同一個倉庫同時存放保稅和非保稅貨物，確實可以為企業節省成本。同樣的只要享受了特殊的權利，就要承擔同樣的義務。2022年12月湖南某公用保稅倉庫企業，應其他企業和政府相關部門的要求，未向海關申請就在保稅倉庫內存放了約500萬元的非保稅貨物。海關在例行核查中發現上述違規行為，對企業進行了處罰。
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