決定集裝箱海運價格的因素很多。由于海洋運輸的復雜性，并且隨著航運市場船公司隊伍的越來越壯大以及各國貿易交流的愈加頻繁，集裝箱海運價格的變化越來越頻繁。但是無論怎么變，決定集裝箱海運價格的最基礎的幾點因素都不會變。
首先，貨物性質及數量決定集裝箱海運價格。顯然，運價的高低是按貨物種類的不同而定，通常貨物本身價值高者其運費率亦較價值低的貨物的運費率高;貨物積載因數的不同影響到艙容的利用率，自然運費率亦不同;貨物批量少的運價通常要高于大批量的貨物運價;貨物數量的多少也影響艙位和船舶噸位的利用率。當會造成較大運力浪費時，其運價亦應較高。
其次，貨物始發地和目的地決定集裝箱海運價格。貨物始發地與目的地的不同涉及到港口水深、裝卸作業條件、港口使費水平、港口間的計費距離、航次作業時間的長短以及是否需要通過運河、航線上是否有加油港及當地的油價等眾多因素影響航線成本與營運經濟效益。顯然，港口及航線條件好者因船舶經營者能以較低的成本獲得較好的效益其運費率亦應低于條件差者。
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