(2)虧箱運費(short fall freight)的計算
當集裝箱內所裝載的貨物總重或體積沒能達到規定的最低重量噸或體積噸，而導致集裝箱裝載能力未被充分利用時，貨主將支付虧箱運費。虧箱運費實際上就是對不足計費噸所計收的運費，即是所規定的最低計費噸與實際裝載貨物數量之間的差額。在計算虧箱運費時，通常是以箱內所載貨物中費率最高者為計算標準。此外，當集裝箱最低利用率是以“最低包箱運費”形式表示時，如果根據箱內所載貨物噸數與基本費率相乘所得運費數額，再加上有關附加費之后仍低于最低包箱運費，則按后者計收運費。
(3)按集裝箱最高利用率計收運費
集裝箱最高利用率的含義是，當集裝箱內所載貨物的體積噸超過集裝箱規走的容積裝載能力(集裝箱內容積)時，運費按規定的集裝箱內容積計收，也就是說超出部分免收運費。至于計收的費率標準，如果箱內貨物的費率等級只有一種，則按該費率計收;如果箱內裝有不同等級的貨物，計收運費時通常采用下列兩種做法：一種做法是箱內所有貨物均按箱內最高費率等級貨物所適用的費率計算運費;另一種做法是按費率高低，從高費率起往低費率計算，直至貨物的總體積噸與規定的集裝箱內容積相等為止。
需指出的是，如果貨主沒有按照承運人的要求，詳細申報箱內所裝貨物的情況，運費則按集裝箱內容積計收，而且，費率按箱內裝貨物所適用的最高費率計。如果箱內貨物只有部分沒有申報數量，那么，未申報部分運費按箱子內容積與已申報貨物運費噸之差計收。
規定集裝箱最高利用率的目的主要是鼓勵貨主使用集裝箱裝運貨物，并能最大限度地利用集裝箱的內容積。為此，在集裝箱海運運費的計算中，船公司通常都為各種規格和類型的集裝箱規定了一個按集裝箱內容積祈算的最高利用率，例如，20ft集裝箱的最高利用率為31立方米，而40ft集裝箱的最高利用率為67立方米。最高利用率之所以用體積噸而不用重量噸為計算單位，是因為每一集裝箱都有其最大載重量，在運輸中超重是不允許的。因此，在正常情況下，不應出現超重的集裝箱，更談不上鼓勵超重的做法。
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